FAQ
GlyfinTMS についての質問とその回答です。
【FAQ 全般】【FAQ 動作全般】
- ReAdWを指定フォルダに配置してもデータが読み込めません。 →回答
- ファイルがオープンできません →回答
- うまく検出してくれません →回答
- 解析パラメータ調節を効率良く行ないたい →回答
- 「抽出」と「検出」の違いは？ →回答
- 解析結果を保存したい →回答
【FAQ パラメータ関連】
【FAQ 動作全般】
【FAQ パラメータ関連】
FAQ全般
GlyfinTMS の名称の由来は？
（グライフィンティエムエス: Glyco peak Finder from Tandem Mass Spectrometry）の略と、JAMSTEC発のソフトウェアで世界の糖鎖（Glyco）研究を飛躍推進させたいと言う意味合いで、魚の鰭（Fin）=翼の造語として考案された。
商標取得 :「GlyfinTMS」 （文字商標） 第 9 類、 42 類 登録番号 第 5319330 号
MacOS で動かしたい
申し訳ありません。
現在の GlyfinTMS は、Windows OS のみに対応しています。
対応OS は以下のとおりです。
・Windows XP
・Windows Vista
・Windows 7
ReAdWの設置場所
【Ｑ】
ReAdW(v4.3.1)を指定されたフォルダに配置していますが、データを読み込めません。
【Ａ】
下記の図のように、ReAdWの実行ファイルとzlib1.dllは「c:\Xcalibur\data\」の下に置いてください。
ファイルがオープンできません
【Ｑ】
ファイルがオープンできません。
【Ａ】
GlyfinTMS では、以下の入力データに対応しています。
解析可能な raw data ファイルフォーマットと、対応する分析器は以下のとおりです。
・Thermo Scientific 社製 LCQ、LTQ、LTG-FT、Orbi-Trap
・mzXMLフォーマット（Sashimi Project）など
・その他、詳細はお問合わせ下さい。
うまく検出してくれません
【Ｑ】
市販糖鎖標品の分析データを用いて解析を実施してみましたが糖鎖由来データとして検出してくれません。
【Ａ】
測定機種によってはMSMSのスキャンレンジ全域にバックグラウンドピークが立っている場合があります。読み込んだデータのMSMSのクロマトの縦軸を最大（x1000）まで拡大表示させて確認をしてみて下さい。バックグラウンドピークが存在する場合は、「number of peaks」のパラメーター値を10前後の数値ずつ増やして行きながら、条件検討を行ってみて下さい。
解析パラメータ調節を効率良く行いたい
【Ｑ】
解析パラメーターの条件検討をしていますが、毎回Preference => Properties => Functionタブを開いて値を設定しなおしています。もっと簡単な手順で解析パラメーターの検討ができる方法はありませんか？
【Ａ】
画面左のツリー表示のAnalysisの行を右クリックし「Set Default」を選択します。これによりAnalysisに使用したパラメータ値がDefault値として登録されます。
１．「Add Analysis」で解析を実行する前に表示されるウィンドウでパラメーター値を変更
２．解析実行後に結果を確認して、良さそうであれば上記手順でDefault値を変更
３．さらに次のパラメーター値を検討 or 次のデータを解析
上記の手順を繰り返すことで条件検討をスムーズに行って頂けます。
「抽出」と「検出」の違いは？
【Ｑ】
マニュアル等に記載の「抽出」と「検出」の違いは何なのでしょうか？
【Ａ】
「抽出ピーク」= Fittingパラメータで解析対象のピークとして抽出されたピーク
「検出ピーク」= Identificationパラメータで糖鎖関連のピークとして検出されたピーク
という意味でマニュアルetcの文章中では使い分けております。
解析結果を保存したい
解析結果は保存可能です。
解析パラメータごとに、別名を付けて保存することも可能です。
画像ファイルとしてイメージ出力することができ、論文等にご利用いただくことが可能です。
画像ファイルとしてイメージ出力する場合には、GlyfinTMS のメニューより、[File]->[Export] とお進みください。
イメージ画像のファイルサイズは以下のサイズから選択可能です。
・1680 × 1050
・1600 × 1024
・1280 × 1024
・1024 × 768
・800 × 600
「charge」を「1+」のみONにした際の挙動
【Ｑ】
「charge」のパラメーターで、「1+」のみチェックを入れた状態で、解析を実行した後にマニュアルでアサインした際、２価や３価の単糖m/z値でもアサインされてしまいます。
【Ａ】
一連のパラメーター値は、自動解析の際にのみ有効な値です。マニュアルアサインでは、単糖と、アミノ酸の登録値を流用しており純粋にドラッグしたピーク間のm/z値が、登録してある何かと一致するかどうかを見ております。（その際に、1価〜3価までのm/z値を含めて見ています）
「difference of m/z」と「range of m/z」
【Ｑ】
「difference of m/z」は、「range of m/z」と何がちがうのですか？
【Ａ】
以下の図をご覧ください。
parent ionの強度に対するfragment peakの強度
【Ｑ】
MSMSスキャンで、解裂せずに残っているparent ionのピーク強度に対し，fragment peakの強度がかなり低いのですが，この場合解析に何か影響が出てきますでしょうか？
【Ａ】
強度に関するパラメーターの「Intensity」では、スキャン中のBasePeakとの相対強度を見ていますので、parent ionのピーク強度と、fragment peakの強度比は特に影響しないはずです。
「Result top」の順番について
【Ｑ】
「Result top」のパラメーターで、「検出された糖鎖を表示する数」と説明がありますが
何か閾値を設けて表示させる順番を決めているのでしょうか？
【Ａ】
抽出ピーク群にRelative Abundance（Intencity）の高い順に値を
付加（順番付け）しておき、検出された１つの糖鎖として使用したピーク群の和が
高いものから順番に「Result top」で指定された数を表示します。より強度の高いピークを使用していて糖鎖と検出されたもの程、表示される順位が高くなります。
※赤色ピーク抽出ピーク(糖鎖検出に使用)、黒色ピーク抽出されていない（糖鎖検出に未使用）
Thermo社 LCQで取得したデータへのパラメーター設定
【Ｑ】
Thermo社 LCQで取得したデータを解析したいのですが、パラメーターの設定が合わない様で困っています
【Ａ】
LCQを含む、旧型の出力データを解析する際は以下のパラメータ値をデフォルト値として、この値から少しずつ値を変更して御自分のデータに対してパラメータを最適化して下さい。
| width | → 2.3 |
| maximum candidate peaks | → 2 |
| number of peaks | → 5 < 90 |
| range of m/z | → 645 |
| tolerance | → 1.2 |
| minimum length | → 4 |
| number of identified peaks | → 5 < 45 |
| difference of m/z | → 645 |
| rate of major | → 50 |
| intensity | → 40 |
| charge | → 1+ 2+ |
| maxmum number of minor | → 3 |
| result top | → 5 |